このグレースケール化は、各ページをいったん画像にしますPDFをページごとに描画し、画素をグレーへ変換してJPEGとして再配置します。見た目をモノクロ寄りにできますが、元PDFの構造を保った色変換ではありません。
文字検索・ベクター・リンクは失われますラスタライズ（ページを画像化する処理）するため、検索可能な文字、ベクター図形、クリックできるリンクなどは出力PDFでは画像の一部になります。ここが一番重要な違いです。
単に印刷を白黒にしたいだけなら、プリンタ設定も候補ですPDF自体を変換する必要がない場合、印刷時だけグレースケール指定できることがあります。元PDFの文字検索やリンクを残したいなら、先に印刷側の設定で済むか確認する方が安全です。変換後に「見た目は同じだから大丈夫」と判断しやすいのですが、内部構造はかなり変わっています。ファイル内検索を使う資料、コピー＆ペーストが必要な資料、リンク付き資料では、変換前PDFも必ず残しておく方が安全です。